労働契約が継続している限り、除外することはできません。

通算契約期間のカウントにおいては、労働契約法第18条において「同一の使用者との間で締結された二以上の有期労働契約の契約期間を通算した期間が五年を超える労働者」と規定されており、勤務実績ではなく労働契約が存在しているかを基準にしています。

育児休業、介護休業期間は労働義務が免除された期間となり、実際に勤務はしていなくとも労働契約自体は存続しているため、通算契約期間から除外することはできません。

2019年4月9日　社会保険労務士　杉山　定広

【労働契約法第18条第1項】

（有期労働契約の期間の定めのない労働契約への転換）

第十八条　同一の使用者との間で締結された二以上の有期労働契約（契約期間の始期の到来前のものを除く。以下この条において同じ。）の契約期間を通算した期間（次項において「通算契約期間」という。）が五年を超える労働者が、当該使用者に対し、現に締結している有期労働契約の契約期間が満了する日までの間に、当該満了する日の翌日から労務が提供される期間の定めのない労働契約の締結の申込みをしたときは、使用者は当該申込みを承諾したものとみなす。この場合において、当該申込みに係る期間の定めのない労働契約の内容である労働条件は、現に締結している有期労働契約の内容である労働条件（契約期間を除く。）と同一の労働条件（当該労働条件（契約期間を除く。）について別段の定めがある部分を除く。）とする。